budetlyanin108

Category:

Глобальный проект по расшифровке геномов всех ныне живущих видов растений и животных

После долгого перерыва к нам частями возвращается несравненная Ольга Петтерссон генетик из Швеции. Не регулярно будем продолжать рубрику "ЛИКБЕЗ". Итак первый тред и чем был вызван перерыв.
Нет сил писать научпоп, пока расскажу что это за грант такой, что ест мои силы с мая.
Ни для кого не секрет что мы тратим миллиарды на космос. Не только Россия, но и США, Индия, Китай, европейские страны. Например, по современному курсу, программа Аполло обошлась американцам в 283 миллиарда долларов.

Потом телескоп Хаббл запустили (около 10 миллиардов), теперь на Марс собрались (6 миллиардов на начало программы, а потом 4 миллиарда за каждый полет). Короче, покорение космоса у всех стран на повестке дня.
А на нашей родной планете в это время, идет шестой период массового вымирания. Но об этом мало кто слышал, а ученые бьют тревогу много лет. Но СМИ это мало интересно, не сенсационно. Один чел в Международном Фонде Охраны Природы (WWF) посчитал, что мы теряем 1 вид каждые 5 минут.
Почему? Людей на планете все больше, и всем надо где-то жить и что-то есть. Города расползаются и подминают под себя все больше нетронутой природы. Вырубаются вековые джунгли и на их местах создаются сельхоз угодья. Или просто леса вырубаются на древесину или бумагу.

Пластиковые отходы засрали океаны. Про техногенные катастрофы и загрязнение воздуха молчу в тряпочку.

Климат изменчив (не буду ни с кем спорить почему), леса горят, лед в Антарктиде тает.

По некоторым подсчетам, 52% всех видов позвоночных животных могут исчезнуть в ближайшие 40 лет.
Естественно, мы хотим жить вечно. Найти лекарство от рака, победить генетические заболевания… Исследования влияния человека на окружающую среду и исследования по спасению видов менее секси, и на них выделяют очень мало денег.
Я писала треды о коала 

и тасманском дьяволе 

что расшифровка их геномов помогает понять причину вымирания и дает механизмы для восстановления исчезающих популяций. Но это до сих пор очень дорого и не каждая страна потянет.
В 2018 году, группа американских ученых создала глобальный проект по расшифровке геномов всех ныне живущих видов растений и животных, называется Биогеном Земли. Я там сижу в группе, которая пишет рекомендации по сбору материала для экстракции ДНК и секвенирования.
Состоит тот большой проект из массы небольших, но большинство руководятся из США. Не знаю, помните ли, что я писала, но год назад я была в составе группы ученых, что получили грант в 1 млн долларов для создания шведской ветки этого глобального проекта.
Задача это зверская, чисто с точки зрения логистики. Образцы мало собрать, их нужно дотошно определить, выделить годную ДНК, отсеквинировать по последнему слову техники, собрать геномы и расшифровать какие они содержат гены.
Но это только начало, т.к. расшифрованный геном интересен только таким ботанам как я.

Ему нужно найти практическое применение. Нужны ученые, сравнивать эти гигантские базы данных чтобы найти эволюционные взаимосвязи, сравнивать с генетическим разнообразием популяций, ...
... находить зацепки которые дают понять насколько генетически здоровым является вид. Почему некоторые исчезают, а другие цветут и пахнут?

Потом, есть ли что-то в геномах, что может подсказать как организмы выживают при неблагоприятных условиях, например при засухе?
Могут такие черты быть использованы в селекции, чтобы повысить урожай в засушливых регионах?
И далее по списку с другими полезными качествами.

Есть ли в геномах участки, отвечающие за продукцию веществ, которые могут быть использованы как лекарства?
Можно ли использовать их для генной инженерии и промышленного производства таких веществ?

Но чтобы геном начал приносить пользу, его все-таки нужно расшифровать.
Грант, который мы пишем, идет в Евросоюз и мы надеемся на энное количество миллионов евро.
Нельзя впихнуть невпихуемое, поэтому в ближайшие 4 года гранта начинаем только с критических краснокнижных видов и с насекомых-опылителей (их популяции по всему миру исчезают с ужасающей быстротой).

Но чтобы миллионы получить, надо грант написать.
А для этого собрали группу, представляющую все страны ЕС и несколько стран-сателлитов. Это около 60 человек. Надо разработать стратегию, логистику, просчитать возможные затраты, количество рабочих рук, итд.
И образцы собрать надо (экспедиции стоят денег, особенно морские), потом из этих тысяч образцов нужно выделить ДНК (один человек в неделю может обработать около 8 образцов нужного для расшифровки качества), потом расшифровать на специальных относительно редких аппаратах ...
... (1 такая машина дает максимум 4 генома в неделю), сборка может занять несколько недель на 1 геном, потом разложить АйТи - трубопроводы для анализов, потом положить всю эту красоту в базы данных, итд. Петабайты (уже не кило, и не тера) этих данных нужно где-то складывать.
Т.е. разрабатываем логистику кто делает что и где, как для этого сделать накатанную дорожку, и прочая, и прочая. В группе из 60 человек из 15 стран, у каждого партнера свои взгляды и амбиции.
От Швеции нас 4 человека, у каждого свое поле деятельности. Я, само собой, отвечаю за секвенирование. Один очень классный профессор - за отбор видов и сбор образцов. Два замечательных биоинформатика - за анализ и АйТи. Короче, это мастодонсткое количество работы.
Дата подачи 6го октября, поэтому до того времени я буду тут наскоками. Может, какую акварель покажу, или легкий тред когда напишу. Но, боюсь, до октября регулярных субботних тредов у нас не получится.
Спасибо вам за душевные комментарии, классные вопросы и предложения тем. Все предложения к темам тредов сохранены и ждут своего времени.

Крепко обнимаю!
А для тех, кто дочитал до конца - акварельный ворон. Многих его сородичей мы тоже секвенировали )).

Подписывайтесь на мою страницу, всегда последние РКИ, КИ, обзор мировой прессы, статьи и рекомендации о передовых методах лечения К19 : https://www.facebook.com/veniamin.zaycev/

Здесь собрано все, что будет вам интересно, все объяснено в закрепленном посте, там же есть и схема-таблица с алгоритмом и применении иве:
https://www.facebook.com/ashominfo

Группа в фб «Так победим!» все вопросы по иве и ранней терапии:
https://www.facebook.com/groups/293522279068895

Телеграм-канал «Так победим!» на случай потери связи, там публикуется то, что идет в ЖЖ и не всегда идет в ФБ:
https://t.me/takpobedimsvz

Чат по иве в телеграме:
https://t.me/takpobedi

ЖЖ: https://budetlyanin108.livejournal.com/

Error

Anonymous comments are disabled in this journal

default userpic

Your reply will be screened

Your IP address will be recorded