budetlyanin108

Categories:

Рекомбинантные геномы SARS-CoV-2 в настоящее время циркулируют на низком уровне

О чем эта работа. Из ~ 500 тыс. Геномов  обнаружили 1175 рекомбинантных геномов, в том числе 4 генотипа с заменой N501Y и 2 генотипа, которые сейчас широко передаются по США.
Основные моменты включают:
- Дополнительная статистическая поддержка рекомбинации с использованием филогенетического размещения
- Анализ обогащения точки выборки рекомбинации, которая предполагает случайное расположение точек выборки
- Оценка максимальной доли циркулирующих рекомбинантных вирусов
- результаты по-прежнему подтверждают, что рекомбинантные генотипы в целом редки, но подчеркивают необходимость постоянного мониторинга.
- нет причин подозревать, что какой-либо из идентифицированных рекомбинантов изменил трансмиссивность, вирулентность или охват вакцинацией по сравнению с их родительскими штаммами.

Рекомбинантные геномы SARS-CoV-2 в настоящее время циркулируют на низком уровне

Вирусная рекомбинация может генерировать новые генотипы с уникальными фенотипическими характеристиками, включая трансмиссивность и вирулентность. Хотя способность к рекомбинации между бета-коронавирусами хорошо задокументирована, данные о рекомбинации между штаммами SARS-CoV-2 ограничены. Выявив мутации, которые в первую очередь определяют структуру клады SARS-CoV-2, мы разработали легкий подход к обнаружению рекомбинантных геномов. Среди более чем 537000 запрошенных геномов мы обнаружили 1175 предполагаемых рекомбинантов, которые содержат несколько мутационных маркеров из разных клад. Дополнительный филогенетический анализ и наблюдаемая совместная циркуляция предсказанных родительских клад в географических регионах воздействия дополнительно подтверждают возможность рекомбинации в этих выявленных случаях. Анализ этих выявленных случаев не выявил никаких доказательств наличия горячих точек рекомбинации в геноме SARS-CoV-2. Хотя большинство рекомбинантных генотипов выявлялись ограниченное количество раз, в настоящее время широко передаются по крайней мере два рекомбинанта. Было также обнаружено, что рекомбинантные геномы содержат замены, вызывающие озабоченность по поводу повышенной трансмиссивности и более низкой эффективности вакцины, включая D614G, N501Y, E484K и L452R. С поправкой на неравную вероятность обнаружения рекомбинантов, происходящих из разных родительских клад, и на географические различия в численности клад, мы оцениваем, что не более 5% циркулирующих вирусов в США и Великобритании являются рекомбинантными. Хотя фенотипическая характеристика обнаруженных рекомбинантов выходила за рамки нашего анализа

ссылка здесь: https://www.facebook.com/veniamin.zaycev/posts/4665531456814910

Error

Anonymous comments are disabled in this journal

default userpic

Your reply will be screened

Your IP address will be recorded