budetlyanin108

Categories:

Почти всё о новых штаммах короновируса и ответ А.Г.Невзорову

Рубрика "Ликбез". Праздники закончились, вопросы накопились. Сегодня у нас длинный пост с нашей любимицей генетиком из Швеции Ольгой Петтерссон. Длинный тред, я вам объясню почему, потому что ей тут пришлось не сладко на днях, в одном треде она поддержала коллегу, что Коронавирус практически не может встроиться в геном человека, а только теоритически или в специально созданных условиях. И на нее накинулись какие тети и дяди и стали рвать на шведский крест. Я поздно вступил в битву, когда все закончилось, в общем я погавкал в пустоту и написал коротенький пост в ФБ, вы его помните, где я двумя словами объяснил, почему коронавирус не может встроиться в геном человека, что у него нет двух штуковин, это молотка и зубила. Но Оля решила как настоящий ученый раскатать это дело на манускрипт! Честь и хвала ей за терпение и за то, что все очень доступным языком объяснила. Мне уже давно не хватает терпения на это, но у нее северный нордический характер. Итак:
Сегодня будет длинный тред о полях сражений с ковидом - новые штаммы и их особенности, чего ждать и прочая. На сладкое, разбор статьи об интеграции коронавируса в наш геном.

...С первых постов, я говорила что вирус будет постоянно мутировать, постепенно приживаясь в обществе человека. Ну, он и начал.
На данный момент имеем несколько сотен разных штаммов, два из них в последнее время наделали немало шороху в СМИ, это Английский и Южноафриканский.

Для начала теория, что такое штамм вируса?
Одно определение говорит, что как только вирус мутировал, то это уже новый штамм.
Другое - что не просто мутировал, но и что мутации имеют биологическое/физиологическое значение. Второй вариант (на мой взгляд) более правильный.
Что нового у английского и южноафриканского штаммов: у них появились новые мутации в гене S, кодирующем шипы в вирусной оболочке.

Официально, о новом штамме из Англии заявили 14го декабря.
Называется он VOC-202012/01, это английская классификация вирусов. VOC = Variant of Concern, или вариант вызывающий озабоченность. Цифры означают что он появился в декабре 2020, и это его первая версия.
У VOC-202012/01 несколько мутаций в S, поэтому, возможно что он долго летал вне поля зрения радара: многие ПЦР тесты, сделанные на основе S, были негативны. Нашли этот вариант во время секвенирования целого генома, и на основании информации о мутациях, ...
... внесли изменения в новые тесты, которые теперь определяют и его. Т.е. возможно, что этот штамм появился уже задолго до декабря.

Что у англичанина за интересные мутации.
N501Y и отсутствие 69й аминокислоты в участке белка шипа, которая распознает наш рецептор АСЕ2.
Из ранних тредов вы знаете, что это рецептор, который коронавирус использует для проникновения в клетку.
Р681Н, сидящая рядом с фуриновой спайкой в белке шипа.
Очень похоже, что вирус такими мутациями легче находит АСЕ2 рецепторы и легче с ними связывается, а значит более эффективно передается от человека к человеку (для заражения нужно меньше вирусных частиц)
Однако, на тяжесть болезни мутации в VOC-202012/01 не повлияли, по последним данным от как от ВОЗ, так и британских медиков.

Южноафриканский штамм назвали 501.V2, т.к. это второй вариант с мутацией N501Y, как и англичанин.
Кроме того, у африканца есть и две другие мутации в шипе, Е484К и К417N. Официально о нем заявили 18го декабря.
Анализы геномов показали, что это не один и тот же штамм, и у 501.V2 другое происхождение. Все показывает на то, что и эти мутации не повлияли на тяжесть заболевания.
Почему так кучно пошло, две мутации буквально за одну неделю?
Для начала посмотрим, так ли это на самом деле.

Интересная картинка, на ней показывается какие штаммы циркулируют в мире, у каждого штамма свой цвет. Слева, красным, исходный китайский, названный штаммом L. (рис1)
Bесной появился штамм S, он же Новый Европейский. Вспомните, о нем тоже писали газеты, что он более опасный чем L.

Первый интересный и “вызвавший серьезную озабоченность” (?) штамм с мутациями в белке S описали еще в апреле.
Он имеет мутацию в РНК, которая меняет состав белка S: 614я аминокислота поменялась с аспартата (биохимическая аббревиатура D) на глицин, (аббревиатура G) и вирусологи окрестили этот штамм D614G, или просто G.
G быстро вытеснил исходный китайский штамм из большинства стран (к июню L исчез совсем, см. график) и долго доминировал по всему миру; встречается до сих пор. Его тоже сочли более заразным, однако это вопрос до сих пор спорный, ...
... т.к. большинство экспериментов проводилось в лаборатории в искусственных условиях, далеких от того, что происходит в человеческом теле. На течение болезни мутация не повлияла.
К началу осени появился GV. В большинстве своем его находили у молодых людей, однако, не ясно - было это потому, что молодые люди были более к нему предрасположены, или потому, что в то время закончились каникулы и в школах и в университетах, ...
... и молодые люди после лета стали появляться в больших скоплениях на лекциях, рэйвах, и прочая.

После GV у нас был штамм датских норок, с мутацией Y453F в том же гене S.

Ну а теперь имеем Английский, Африканский, и буквально с позавчера еще и Бразильский штамм.
Т.е., новые штаммы появляются постоянно.

С другой стороны, чем более людей заражается, тем больше раз вирус размножается и проходит естественный отбор. т.е. вполне рационально предположить что новые мутации будут появляться все чаще, пока число инфекций в мире идет вверх.
Как я однажды написала, для ученых эта информация безумно интересна, т.к. это первая серьезная пандемия во времена геномных исследований. Даже во времена SARS в Азии, который, казалось бы, отгремел всего несколько лет назад, у нас не было сегодняшних технологий.
Ученые сейчас в реальном времени наблюдают за эволюцией нового вируса в человеческой популяции.

Теперь медицина и эпидемиология.
За такими штаммами необходимо наблюдать, чтобы понять, как мутации влияют на течение болезни и скорость распространения, и в случае необходимости, опять закрывать границы.
Все данные указывают на то, что новые штаммы не более опасны для пациента, чем все предыдущие. Но, похоже, они более заразны (что с точки зрения эволюции вполне естественно). Значит, заболеет больше людей.
Хоть и большинство перенесут заболевание легко, все-равно будут люди, у которых будет будет более серьезная форма, появится необходимость в стационарном лечении, ОРИТ, ИВЛ. Значит, удар все еще идет по здравоохранению, со всеми вытекающими.
Теперь другой вопрос, иммунитет.
А вот тут все интереснее. Я в этом не спец, поэтому пишу то, что вычитала в статьях. Мутации у английского и африканского штаммов, похоже, влияют на иммунный ответ.
До конца все не выяснено, но вероятно что антитела, полученные от других штаммов, могут быть недостаточной защитой чтобы избежать повторной инфекции новыми штаммами.
Вопрос на миллион: будут ли работать вакцины.
Новые штаммы открыли в середине декабря, и все это время Pfeizer и Moderna расследовали, будет ли вакцина эффективна против новых вариантов.
Согласно их данным - да, будет, это мы узнали буквально на днях.
Для вакцины использовался другой участок белка S, который не затронут мутациями, найденными в новых штаммах. Это было подтверждено экспериментально, публикация в процессе печати, но посмотреть результаты и их оценить можно здесь:
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.01.07.425740v1

По Спутнику информации в виде научных статей не нашла, только заявление в СМИ

Итак, что все это значит для обывателя? Сейчас, более чем никогда, актуальны социальное дистанцирование, гигиена рук и ношение маски в общественных местах.
Оставайтесь дома при малейших симптомах.

Простите, если не получилось сенсации - я не СМИ. Новые штаммы будут появляться постоянно, лаборатории по всему миру продолжают за ними следить, эпидемиологи и производители вакцин уже работают на опережение.
Устали? Это только первая часть нашего треда.

Вторая часть, это весьма интересное высказывание замечательного Александра Глебыча Невзорова в программе “Невзоровские среды” на эхе от 23го декабря 2020. Посмотреть его можно тут: https://www.youtube.com/watch?v=4RSvWfzIxT4&feature=emb_logo
все внимание на момент с 42:57.
Глебыч удивительный индивидуум, и мне, персонально, очень интересно следить за его деятельностью. Но он не ученый, будь то “настоящий” (с Нобелевкой), или “ненастоящий” (как я).
Итак, с чего у нас сыр-бор. Глебыч рассказал, что лауреат Нобелевской премии Дэвид Балтимор, высказался в пользу работы ученых из Массачусетского Института Технологии о встраивании коронавирус в геном человека.
Справка: Дэвид Балтимор первым доказал, что генетическая информация содержится не только в ДНК, но и в РНК, а так же описал процесс встраивания РНК вирусов в геном клетки.
Я нашла оригинал высказывания Балтимора, и оригинал статьи ученых из МИТ (Балтимор не является ее соавтором).
И что я имею сказать по этому поводу - Глебыч слегка погорячился. Или хотел сказать одно, но его поняли как поняли.

Разложим по полочкам саму статью, которую читающие меня англоговорящие биологи могут найти здесь biorxiv.org/content/10.110….
Для начала, о самом источнике. Биоархив, где статья опубликована, ЭТО НЕ НАУЧНЫЙ ЖУРНАЛ. Это база препринтов. В чем разница.

Чтобы опубликовать статью в научном журнале, ее сначала читает редактор.
Если признает, что она достаточно убедительно написана, он отправляет ее на рассмотрение 3-5 специалистам в области. Их задача - это независимая проверка методик, результатов, выводов, дискуссии и научного языка.
Они должны указать на сильные и слабые места работы, высказать свои опасения, задать вопросы о правильности методик и интерпретации результатов, и, в конце концов: а) одобрить статью для печати, как она есть, ...
б) отправить на минимальную доработку, где автор должен внести небольшие изменение в текст, в) отправить на полную доработку, когда автора просят переделать анализ, или переписать вывод, или использовать другой метод чтобы убедить рецензента в точности выводов.
И, наконец, г) отклонить статью и не допустить ее к печати. T.e. имеем полноценную экспертную оценку.

Продолжение: https://www.facebook.com/veniamin.zaycev/posts/4504367122931345

Error

Anonymous comments are disabled in this journal

default userpic

Your reply will be screened

Your IP address will be recorded