История Манауса Бразилия вызывает беспокойство
Разрешив распространение COVID без флажка, мы позволили аналогичным и вызывающим озабоченность вариантам появляться отдельно по всему миру. Вариант в Бразилии возник отдельно от варианта в Великобритании.
История Манауса вызывает беспокойство 1. В Манаусе, Амазонас, Бразилия, начальный всплеск был ошеломляющим (44% серопозитивных, вероятно 76% инфицированных) 2. Случаи снова растут 3. Обнаружено распространение мутантных вариантов. 4. Варианты похожи на вариант для Великобритании, но возникли отдельно в Бразилии.
Филогенетическая взаимосвязь последовательностей SARS-CoV-2 из Амазонки с появляющимися бразильскими вариантами, несущими мутации E484K и N501Y в белке Spike
Резюме
Здесь мы сообщаем о предварительном геномном анализе линии SARS-CoV-2 B.1.1.28, циркулирующей в бразильском регионе Амазонки, и их эволюционной связи с появляющимися и потенциально появляющимися бразильскими вариантами SARS-CoV-2, несущими мутации в RBD Spike (S ) белок. Филогенетический анализ 69 последовательностей B.1.1.28, выделенных в штате Амазонас, выявил существование двух основных клад, которые развились локально без необычных мутаций в S-белке с апреля по ноябрь 2020 г. Вирусы B.1.1.28, несущие мутации S: K417N, S: E484K и S: N501Y, недавно обнаруженные у японских путешественников, возвращающихся из Амазонки, разветвлены в пределах одной из идентифицированных здесь кладок Амазонки B.1.1.28, что позволяет предположить, что эти последовательности могут быть представителями новой (не сообщенной) возникающей бразильской клады , здесь обозначен как B.1.1.28 (K417N / E484K / N501Y).
Задний план
Появление новых вариантов SARS-CoV-2, содержащих мутации в белке Spike, которые могут повлиять на приспособленность вируса и трансмиссивность, стало проблемой, особенно после недавнего выявления двух независимых появляющихся штаммов в Великобритании и Южной Африке с более чем обычное количество мутаций в белке Spike, которые могут иметь функциональное значение. Обе появляющиеся линии SARS-CoV-2 B.1.1.7 в Великобритании (делеция HV 69-70, делеция Y144, N501Y, A570D, P681H, T716I, S982A, D1118H) (1) и B.1.351 в Южной Африке (L18F , D80A, D215G, R246I, K417N, E484K, N501Y и A701V) (2)приобрели восемь определяющих линию аминокислотных замен в белке Spike, будучи мутацией N501Y в рецептор-связывающем домене (RBD), единственной распространенной аминокислотной заменой, обнаруженной в обеих линиях.
В эпидемии SARS-CoV-2 в Бразилии преобладали две линии, обозначенные как B.1.1.28 и B.1.1.33, которые, вероятно, возникли в стране в феврале 2020 года (3,4).. Недавние сообщения привлекают внимание к появлению в Бразилии новых вариантов SARS-CoV-2 B.1.1.28, несущих мутации в белке Spike, общем для линий B.1.1.7 и B.1.351. В исследовании, опубликованном в декабре 2020 года, описывается появление новой клады B.1.1.28 в штате Рио-де-Жанейро, которая отличается пятью определяющими клон мутациями, в том числе одной в белке Spike (E484K), также обнаруженной в B .1.351 Южноафриканское происхождение (5) , но независимое происхождение. Эта клада, обозначенная здесь как B.1.1.28 (E484K), впоследствии была обнаружена в других штатах Бразилии и была связана с двумя случаями повторного заражения у пациентов, изначально инфицированных линией B.1.1.33 (6).. Совсем недавно министерство здравоохранения Японии сообщило о наличии нового варианта SARS-CoV-2 B.1.1.28 у четырех путешественников, прибывших в Японию, возвращающихся из штата Амазонас (северная Бразилия) 2 января 2021 года, который содержит 10 синапоморфных мутаций в Спайк (L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S, K417T, E484K, N501Y, H655Y, T1027I), включая один (N501Y), обнаруженный как в линиях B.1.351, так и в B.1.1.7, а также три обнаружены в B.1.351 Только южноафриканское происхождение (L18F, K417N, E484K) (7) .
Для более глубокого понимания происхождения нового варианта B.1.1.28, обнаруженного в Японии и обозначенного здесь как B.1.1.28 (K417N / E484K / N501Y), мы проанализировали генетическое разнообразие 148 SARS- Полногеномные штаммы CoV-2 циркулируют в бразильском штате Амазонка с апреля по ноябрь 2020 года.
Полученные результаты
Наше геномное исследование 148 полногеномных последовательностей SARS-CoV-2 из штата Амазонас выявило 69 (47%) последовательностей B.1.1.28, взятых из разных муниципалитетов в период с 13 апреля по 13 ноября 2020 года, которые являются наиболее распространенной вирусной линией в этот бразильский штат (Рисунок 1). Затем эти последовательности B.1.1.28 были выровнены с 399 последовательностями полногенома B.1.1.28 высокого качества (<10% от N) (длина> 29000 нуклеотидов) бразильского происхождения и четырьмя последовательностями B.1.1.28 из Японские путешественники, вернувшиеся из Амазонки, которые были доступны в базе данных EpiCoV в GISAID к 10 января 2021 года. Филогенетический анализ максимального правдоподобия (ML) с использованием IQTree v2.1.2 8 показал, что бразильские последовательности B.1.1.28 из Амазонки в основном разветвлялись на две части. высоко поддерживаемые (примерный тест отношения правдоподобия [aLRT]> 80%) монофилетические клады здесь обозначены как 28-AM-I (49%) и 28-AM-II (26%) (рис. 2). Монофилетическая клада 28-AM-I состоит из 34 последовательностей, выделенных в различных амазонских муниципалитетах в период с 20 апреля по 13 ноября, которые были вложены среди базальных последовательностей из штата Сан-Паулу. Монофилетическая клада 28-AM-II включает 18 последовательностей, выделенных в разных амазонских муниципалитетах в период с 20 апреля по 13 ноября (EPI_ISL_801386 - EPI_ISL_801403), а также включает четыре японские последовательности B.1.1.28, взятые у путешественников, возвращающихся из региона Амазонки. Клада 28-AM-II была вложена в базальную парафилетическую кладу (aLRT = 77%), которая включает последовательности, взятые из разных штатов Бразилии в период с 1 апреля по 11 ноября 2020 г. (Рисунок 2). Возникающая бразильская линия B.1.1.28 (E484K) появилась как независимая монофилетическая ветвь с высокой степенью поддержки (aLRT = 98%) внутри филогении B.1.1.28 и включает последовательности из разных штатов Бразилии, включая единственную B.1.1.28. последовательность из штата Амазонка, несущая мутацию E484K, обнаруженную в нашем исследовании (рис. 2) . Байесовская реконструкция с использованием модели строгих молекулярных часов с нормальным уровнем предшествующих замен (8-10 × 10-4 замен / сайт / год), реализованная в BEAST 1.10 9, оценила появление клады 28-AM-II 27 апреля (95 % Высокая апостериорная плотность [HPD]: 30 марта - 28 апреля).
Рисунок 1. Географическое и временное распределение последовательностей SARS-CoV-2 B.1.1.28, отобранных в штате Амазонас. A) Муниципалитеты штата Амазонас с образцами SARS-Cov-2 B.1.1.28, секвенированные в этом исследовании. B) Последовательности SARS-CoV-2 B.1.1.28, полученные в этом исследовании (черные точки) и подтвержденные случаи SARS-CoV-2 (серые столбцы) в Амазонке по эпидемиологической неделе (EW).
Рисунок 1
Продолжение: https://www.facebook.com/veniamin.zaycev/posts/4489557571078967