budetlyanin108

Categories:

Какие клетки выживают после коронавируса и какая цель CRISPR позволяет выжить?

Чтобы заразить клетки, мы знали, что #SARSCoV2 полагается на привязку к ACE2.
Но что потом?
сегодня
в CellCellPress
мы узнали о генах и путях, задействованных через весь геном #CRISPR нокаутирующие экраны клеток легких

Определение необходимых факторов хозяина для заражения SARS-CoV-2 в клетках человека

Особенности

Полногеномный нокаут-скрининг CRISPR определяет факторы хозяина для инфекции SARS-CoV-2

Лучшие гены включают вакуолярные АТФазы, Retromer, Commander и комплекс Arp2 / 3.

Проверка с использованием нокаута CRISPR, РНК-интерференции и низкомолекулярных ингибиторов

Снижение инфекции за счет увеличения биосинтеза холестерина и секвестрации ACE2
Резюме
Чтобы лучше понять генетические зависимости вируса-хозяина и найти потенциальные терапевтические мишени для COVID-19, мы провели скрининг потери функции CRISPR в масштабе генома для выявления факторов хозяина, необходимых для вирусной инфекции SARS-CoV-2 в альвеолярных эпителиальных клетках человека. Лучшие гены объединяются в отдельные пути, включая вакуолярный протонный насос АТФазы, комплексы Retromer и Commander. Мы проверяем эти генные мишени с помощью нескольких ортогональных методов, таких как нокаут CRISPR, нокдаун РНК-интерференции и низкомолекулярные ингибиторы. Используя одноклеточное секвенирование РНК, мы идентифицируем общие транскрипционные изменения в биосинтезе холестерина при потере ведущих генов. Кроме того, учитывая ключевую роль рецептора ACE2 на ранних стадиях проникновения вируса, мы показываем, что потеря RAB7Aснижает проникновение вируса за счет изоляции рецептора ACE2 внутри клеток. В целом, эта работа обеспечивает масштабный геномный количественный ресурс влияния потери каждого гена-хозяина на приспособленность / реакцию на вирусную инфекцию.
https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)31394-5…

Некоторые пояснения от одного из авторов статьи Невилла Саньяна:

Используя нашу библиотеку CRISPR для всего генома GeCKOv2 (совместно разработанную еще в 2013 году,
мы выбили каждый из ~ 20 000 генов в геноме человека.
Затем мы проверили генетически разнообразный пул клеток легких человека с помощью SARS-CoV-2. Ключевой вопрос: какие клетки выживают после вируса и какая цель CRISPR позволяет выжить?(схема2)
Мы обнаружили, что ведущие гены - гены, потеря которых увеличивает устойчивость к вирусной инфекции - имеют тенденцию группироваться в определенные семейства генов и пути:(схема3,4)
Большинство из этих первоклассных генов широко экспрессируются в тканях, и многие участвуют во внутриклеточном транспорте и функции эндосом:(схема5,6)
мы обнаружили, что ранее было показано, что несколько генов, занявших первое место на нашем экране, напрямую взаимодействуют с вирусными белками SARS-CoV-2:(схема7)
Мы сравнили результаты скрининга SARS-CoV-2 с предыдущими скринингами CRISPR на вирус Зика и пандемический (H1N1) грипп и обнаружили совпадения общих генов на всех трех экранах, что указывает на общие механизмы устойчивости хозяина.(схема8)
Чтобы проверить наш полногеномный скрининг и количественно оценить влияние каждого гена с самым высоким рейтингом на вирусную инфекцию, мы использовали несколько подходов, включая нокаут гена (CRISPR), нокдаун (RNAi) и низкомолекулярные ингибиторы.(схема9)
Вот как выглядят некоторые данные… Мы подсчитали уменьшение количества клеток, инфицированных вирусом, после нокаута CRISPR.(схема10)

Продолжение: https://www.facebook.com/veniamin.zaycev/posts/4275111425856917

Error

Anonymous comments are disabled in this journal

default userpic

Your reply will be screened

Your IP address will be recorded