Что такое микробиом и с чем его едят?

Рубрика "ЛИКБЕЗ"

Пока я занимался репетицией дня рождения Адмирала и демонстрацией "семисопельной РД-табуреткой вида Там-Тама". Наш любимый генетик или как сейчас надо говорить - генетичка? Ольга Петтерссон. Так вот запила она тред, на интересную тему, которую сейчас активно обсуждают в разных масонских кругах...
Сегодня поговорим о человеческом микробиоме. Слышали о таком?

Итак, для начала ЧТО.

В теле человека по крайней мере в 10 раз больше клеток микробов, чем своих собственных. В килограммах, это почти 2.5 кг из нашей общей массы тела.
Если геном человека состоит из приблизительно 20 000 генов, то генов микробов в нашем теле как минимум (!) в 100 раз больше.
Вот сообщества микробов, живущих на нашей коже, слизистых, зубах и пищеварительной системе и называются микробиомами. Это не только бактерии, но и дрожжи, грибки и простейшие.

Часть слова “биом” значит что между всеми ними есть функциональное взаимодействие.
ПОЧЕМУ?
Микробы в/на наших телах это нормально. Они помогают нам поддерживать здоровье кожных покровов и слизистых, помогают переваривать пищу и усваивать питательные вещества, производят витамины (группа Б и К), частично помогают модулировать иммунитет, итд.
Самая богатая микрофлора у нас в кишечнике, а самая бедная - в женском влагалище.

С какого перепугу я, генетик с уклоном в сторону геномного анализа, рассказываю вам о микробах?
Потому что традиционно изучить все богатство нашей микрофлоры, с питательными средами и микроскопами, невозможно - всего слишком много.

Поэтому, единственный способ как это описать и понять, это мощное современное секвенирование ДНК.
Помните тред о травяных чаях? Вот в 90х наш микробиом исследовали именно так: смотрели на его состав с помощью рибосомальных генов. Типа 50% одного типа микробов, 25 другого, 0.1 третьего, итд. Потом пытались выяснить, есть ли зависимость между составом и различными болезнями.
Это уже не "модно". Современные методы секвенирования позволяют расшифровку всех геномов сразу. Т.е. сейчас начали смотреть не на то, какие виды где сидят, но и что они там делают: какие гены функциональны, как они взаимодействуют с человеческими клетками, итд.
Но большинство опубликованных исследований все еще опирается на те самые работы с рибосомальными генами.

Перед тем как я перейду к примерам, важно напомнить о разнице между взаимосвязью и причинно-следственной связью.
Т.е. все тот же любимый пример с огурцами: eсли в желудке 99% умерших людей были найдены огурцы, то еще не значит что именно огурцы послужили причиной смерти.
Поэтому на результаты таких исследований смотрим со здоровым скептицизмом, ибо достоверно не ясно что причина, а что следствие.

Перейдем к примерам.

Начнем с начала начал: роды.
Во время беременности, микробиом родовых путей женщины сильно отличается от ее нормального микробиома, скорее всего под действием гормонов. Это меняет кислотность среды и помогает защитить родовые пути от воспалительных процессов.
Ребенок при естественных родах получает микробы от мамы.

Хорошо это, или плохо, изучено недостаточно чтобы делать глобальные выводы. Но точно известно, что микробиом здоровых детей рожденных при кесаревом значительно отличается.
Детеныша мы кормим молоком, и со временем его микробиом учится переваривать лактозу и прочие питательные вещества. Потом, при переходе на другие виды питания, микробиом младенца постоянно обогащается.
После двух лет жизни, микробиом ребенка становится приблизительно таким, как и у взрослого человека.

А вот потом уже начинаются интересности. Все мы рано или поздно принимаем антибиотики...
Убивают они не только вредных микробов, но и наших, родимых. Что у нас при этом происходит? Расстройство кишечника, а у женщин еще и частые грибковые инфекции там где не надо. Вот наглядный пример того, как важен нормальный микробиом для нашего самочувствия.
Антибиотики мы пропили, а микробиом после них еще долго будет восстанавливаться. Причем, может случиться что он изменится и никогда не будет прежним.

А теперь посчитайте, сколько раз в жизни мы принимаем антибиотики. Без них никак, но и с ними не так чтоб совсем идеально.
Что еще влияет на наш микробиом? Разумеется питание. Кроме того, стрессы, недостаток сна, физическая нагрузка. Однако, все это только вносит только легкие коррективы и не меняет состав микробиома так же драматически, как это делают антибиотики.
Посмотрим на болезни.

Некоторые болезни относительно легко связать с микробиомом, т.е. нарушается соотношение между разными микробами.

Акне это разбушевавшиеся пропионовокислые бактерии, вагиноз - молочнокислые

Кариес оно само собой разумеется, другой наитипичнейший пример (бактерии рода Prevotella).

У стройных и тучных людей микробиомы различаются: у некоторых людей с полнотой присутствуют микробы которые более эффективно всасывают питательные вещества.
Часто, у тучных людей микробиом менее разнообразен, чем у здоровых.
Все сваливать на микробов не нужно, т.к. и подвижность и правильное питание поможет всем. Просто некоторым придется приложить чуть больше усилий.
У людей мучающих себя голоданием, микробиом, кстати, тоже отличается от здорового...

Продолжение: https://www.facebook.com/veniamin.zaycev/posts/4099905790044149