Филогеномный анализ геномов SARS-CoV-2 из западной Индии выявляет уникальные связанные мутации

Индия стала третьей страной, наиболее пострадавшей от пандемии COVID-19, вызванной вирусом SARS-CoV-2. Здесь мы исследовали молекулярную, филогеномную и эволюционную динамику SARS-CoV-2 в западной Индии, наиболее пострадавшем регионе страны. Всего было секвенировано 90 геномов. Четыре варианта нуклеотидов, а именно C241T, C3037T, C14408T (Pro4715Leu) и A23403G (Asp614Gly), расположенные в 5'UTR, Orf1a, Orf1b и Spike белковых областях генома, соответственно, были преобладающими и вездесущими (90%). Филогенетический анализ геномов выявил четыре отдельных кластера, образованных в результате разных вариантов. Основной кластер (кластер 4) отличается мутациями C313T, C5700A, G28881A, которые являются уникальными паттернами и наблюдаются в 45% образцов. Таким образом, мы сообщаем о новой модели связанных мутаций. Преобладание этих связанных мутаций предполагает, что они, вероятно, являются частью вирусного ландшафта. Наблюдается новый и четкий характер мутаций в вирусных штаммах каждого из районов. Вирусные штаммы района Сатара показали мутации в основном на 3'-конце генома, тогда как вирусные штаммы района Нашик показали мутации на 5'-конце генома. Характеристика штаммов пуны показала, что новый вариант обогнал другие штаммы. Изучение частоты трех мутаций, т. Е. C313T, C5700A, G28881A у симптоматических и бессимптомных пациентов, показало повышенную встречаемость в симптоматических случаях, которая более выражена у женщин. По возрасту наблюдается специфическая картина мутации. Мутации C18877T, G20326A, G24794T, G25563T, G26152T, и C26735T обнаружены в более чем 30% исследуемых образцов в возрастной группе 10-25 лет. Интересно, что эти мутации не обнаруживаются в старшем возрасте 61-80 лет. Эти данные отражают распространенность уникальных связанных мутаций в SARS-CoV-2 в западной Индии и их распространенность у пациентов с симптомами.

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.07.30.228460v1