budetlyanin108

Categories:

Чрезмерная G-U трансверсия в новых вариантах аллелей в геномах SARS-CoV-2

Вышла интересная статья российских ученых в журнале  PeerJ Chemistry. Рекомендую специалистам и всем интересующимся генетикой.

Чрезмерная G-U трансверсия в новых вариантах аллелей в геномах SARS-CoV-2

Александр Юрьевич Панчин​, Юрий Васильевич Панчин

SARS-CoV-2 - это новый коронавирус, который вызывает инфекцию COVID-19, с ближайшим известным родственником, обнаруженным у летучих мышей. Для этого вируса были секвенированы сотни геномов. Эти данные дают представление об адаптациях SARS-CoV-2, детерминантах патогенности и паттернах мутаций. Сравнение паттернов мутаций, которые произошли до и после того, как SARS-CoV-2 прыгнул на человека-хозяина, может выявить важные эволюционные последствия зоонозной передачи.

методы
Мы использовали общедоступные полные геномы SARS-CoV-2 для расчета относительных частот вариаций одного нуклеотида. Эти частоты сравнивали с относительными частотами замещения между SARS-CoV-2 и родственными коронавирусами животных. Аналогичный анализ был выполнен для коронавирусов человека SARS-CoV и HKU1.

Полученные результаты
Мы обнаружили 9-кратный избыток G-U-трансверсий среди мутаций SARS-CoV-2 по сравнению с относительными частотами замещения между SARS-CoV-2 и близким относительным коронавирусом у летучих мышей (RaTG13). Это говорит о том, что паттерны мутации SARS-CoV-2 изменились после передачи человеку. Избыток G – U трансверсий был намного меньше в аналогичном анализе для SARS-CoV и отсутствовал для HKU1. Примечательно, что мы не обнаружили подобного избытка комплементарных мутаций C – A в SARS-CoV-2. Обсудим возможные объяснения этих наблюдений.

Основной текст статьи...

Продолжение: https://www.facebook.com/veniamin.zaycev/posts/4008379759196753

Error

Anonymous comments are disabled in this journal

default userpic

Your reply will be screened

Your IP address will be recorded