April 13th, 2020

COVID-19. Исследование Др. Т.Бедфорда о возникновении вируса в Сиэтле

Сегодня у нас будет пост от британского генетика, исследователя генома SARS-Cov-2. Я часто на него ссылаюсь в своих публикациях. Исследователю Тревору Бедфорду удалось установить предварительный возраст опасного коронавируса. Согласно предварительным подсчетам, возраст этого вируса составляет порядка 20-70 лет. Более точно возраст пока невозможно установить. Но в недалеком будущем я думаю этот ДИ будет сокращен.

Выводы группа Тревора сделала после составления генеалогического древа мутаций коронавируса. Бедфорд акцентировал внимание на том, что в начале 2020 года уже было известно 100 образцов генома вируса. В подавляющем большинстве вирус переживает мутации во время распространения.

Сейчас на ресурсе где собираются и анализируются секвенированные геномы собрано уже порядка 2000 геномов. Это колоссальная работа.
Итак приступаем к новому исследованию:

Существует много болтовни в соцсетях вокруг слухов о том, что #COVID19 возникла осенью 2019 года в Калифорнии и якобы имеется стадный иммунитет. Эмпирически это не тот случай. COVID-19 был впервые введен в США в январе / феврале 2020 года.
У нас есть несколько хороших источников доказательств: (1) прямое тестирование в Сиэтле и образцы, собранные в январе и феврале 2020 года, и (2) филогенетические данные, показывающие генетические связи секвенированных вирусов.
Для решения (1) вопроса лаборатория в Сиэтле
вернулась и проверила ретроспективные образцы, собранные между 1 января и 10 марта в нашем исследовании. Эти образцы были собраны в рамках нашего исследования респираторных инфекций в районе Сиэтла.
Продолжение здесь:

https://www.facebook.com/veniamin.zaycev/posts/3711760222192043